دبیرخانه وظیفه تهیه و تدوین چارچوب فعالیت و پیگیری و نظارت مستمر بر حسن اجرای مصوبات و تصمیمات ستاد و همچنین انجام امور و اقداماتی را که برای تصمیم گیری لازم است به شرح ذیل عهده دار می باشد:
1- انجام امور دبیرخانه ای ستاد اعم از برگزاری منظم و مستمر جلسات، تنظیم صورتجلسات، ابلاغ و پیگیری مصوبات
2- فعال سازی و تشکیل ستاد جهت تصمیم سازی در سطح شهر تهران در راستای اجرائی نمودن اهداف و سیاستهای سند ملی بازافرینی شهری، تکالیف قانونی و احکام قانون برنامه پنجساله دوم شهرداری تهران
3- هماهنگی با ستاد استانی بازآفرینی پایدار شهری و دبیرخانه ستاد ملی بازآفرینی پایدار شهری
4- راه‌اندازی و تشکیل کمیته‌های تخصصی ستاد کلانشهر تهران (کمیته ساماندهی کالبدی – زیرساختی، کمیته توانمندسازی اجتماعی – فرهنگی، کمیته توانمندسازی اقتصادی و مشارکت مردمی، کمیته امنیتی و حقوقی)
5- هدایت و نظارت بر تهیه و اجرای برنامه ها و طرحهای بازآفرینی پایدار محدوده‌ها و محله‌های هدف کلانشهر تهران
6- تهیه و تدوین برنامه های آموزشی، فرهنگی، تبلیغی، ترویجی، پژوهشی، اطلاع رسانی و برگزاری کارگاهها و همایش ها
7- پیش‌بینی منابع مالی برای برگزاری جلسات و برگزاری کارگروه‌های تخصصی
8- بررسی و تصویب آیین‌نامه‌های داخلی ستاد
9- تهیه دستورالعمل و آیین‌نامه‌های اجرایی مصوبه مشترک ستاد ملی و شورای عالی شهرسازی (بند الف، اقدامات اجرایی در حوزه ستاد توانمندسازی استان‌ها) برای کلانشهر تهران
10- هماهنگی بین مشاورین طرحهای فرادست (طرحهای جامع و تفصیلی) با مشاورین طرحهای بازآفرینی شهری جهت در نظر گرفتن ساکنین این سکونت‌گاه‌ها در نظام برنامه‌ریزی کلانشهر تهران
11- پیگیری در خصوص جذب اعتبارات برای اجرای برنامه‌ها و طرحهای بازآفرینی پایدار شهری شهرستان از طریق شورای برنامه‌ریزی توسعه شهرستان، شورای برنامه‌ریزی توسعه استان، شرکت مادر تخصصی عمران و بهسازی شهری (دبیرخانه ستاد ملی بازآفرینی پایدار شهری) در سطح ملی.
12- پیگیری انجام و اجرای برنامه‌های اجتماعی – فرهنگی و اقتصادی همگام با اجرای پروژه‌های کالبدی و عمرانی توسط دستگاه‌های مرتبط